11 декабря 1699 года официальным флагом российского военного флота стало белое полотнище с косым синим андреевским крестом. Свой выбор будущий император объяснял тем, что именно от апостола Андрея Россия приняла святое крещение, и поэтому, таким образом, ему хотелось увековечить имя святого.

При Петре на флоте иногда использовался другой вариант Андреевского флага – красное полотнище с белым прямоугольником и андреевским крестом в верхнем углу у древка. Иногда такие флаги обозначали отдельную часть эскадры. Но все же на флоте прижился первоначальный вариант – белое полотнище с синим косым крестом.

Вплоть до 1917 года Андреевский флаг был единственным флагом российского военного флота. Петровский Корабельный устав предписывал защищать его до последнего – и за всю историю российского флота добровольно его спустили лишь дважды, в 1829 и в 1904 году.

После распада СССР в 1991 году в качестве основного Военно-морского флага указом Президента Российской Федерации был введен исторический российский Андреевский флаг. 26 июля 1992 года в День Военно-Морского Флота на всех боевых кораблях в последний раз были подняты флаги ВМФ СССР, после чего под звуки гимна СССР они были спущены. Вместо них под гимн Российской Федерации были подняты Андреевские флаги.