5 июня 1706 года в Лефортове по указу Петра Первого был основан Главный военный клинический госпиталь, получивший впоследствии имя академика Николая Бурденко.

Основное здание госпиталя, сохранившееся до наших дней, построено в 1798-1802 годах по проекту архитектора Ивана Еготова.

Первых пациентов учреждение приняло в декабре 1707 года. Тогда же при Госпитале открылась первая в России Медико-хирургическая школа, более столетия исправно готовившая лекарей "из природных россиян".

В истории российской медицины Московский госпиталь занимает особое место. Здесь берет начало больничное и военно-госпитальное дело в нашей стране. Здесь же были заложены основы медицинского образования и подготовлены первые русские врачи.

В период Отечественной войны 1812 года госпиталь принял свыше 17 тысяч раненых и больных. В Первую мировую войну около 400 тысяч, активно работал в период Великой отечественной войны. За триста с лишним лет в госпитале пролечились около 4,5 миллиона человек.

Здесь трудились Склифосовский, Пирогов и другие известные российские врачи. Госпиталь был не только лечебным учреждением, но и учебным: здесь появилась первая в России медицинская школа для подготовки лекарей, первый анатомический центр.

В Московском госпитале проводил показательные операции под наркозом Н.И. Пирогов. Не раз Госпиталь оказывался действующим лицом исторических событий, в частности, сыграл важную роль в ликвидации эпидемии чумы 1770-1771 годов. Здесь оказывалась помощь раненым и больным в период Отечественной войны 1812 года, русско-турецкой войны 1877-1878 годов, русско-японской войны 1904-1905 годов, в первую мировую, гражданскую и Великую Отечественную войны.

В 1946 госпиталю было присвоено имя Николая Николаевича Бурденко.

В настоящее время Главный военный клинический госпиталь имени Н. Н. Бурденко мощное, технически высоко оснащенное многопрофильное лечебное учреждение, в котором оказываются практически все виды специализированной медицинской помощи.