В истории Москвы было немало случаев, когда город страдал от наводнений. На протяжении веков паводковые воды выходили из берегов и затопляли низины в окрестностях Москвы-реки и её притоков.

Первое упоминание о наводнении в письменных источниках относится к XV веку. Оно произошло в 1496 году после холодной зимы и обильных снегопадов, когда наступила «великая паводь».

Наводнения случались часто, и в XVIII веке было решено построить сеть обводных каналов. Однако из всех запланированных проектов был реализован только один — Водоотводный канал, который защищал районы улиц Бахрушина, Новокузнецкой, Пятницкой и Якиманских.

Одно из самых масштабных наводнений произошло в Москве весной 1908 года. Оно началось 23 апреля и продолжалось несколько дней. Разлив реки произошёл неожиданно поздно, но при этом был настолько сильным, что превзошёл все ожидания.

В результате разлива рек Москвы, Яузы и Водоотводного канала была затоплена значительная территория — почти пятая часть города. Под водой оказались около 100 километров улиц и переулков. Особенно пострадали пять участков по правую сторону реки Москвы: второй Хамовнический, оба участка Якиманской части и оба участка Пятницкой. Дома Дорогомилова и Замоскворечья, а также стены Кремля были затоплены в среднем на 2,3 метра от уровня мостовой. Уровень воды в реке поднялся на девять метров по сравнению с летним.

Из полуторамиллионного населения города пострадало около 200 тысяч человек. Было разрушено и повреждено 25 тысяч зданий. Однако Третьяковская галерея была спасена благодаря тому, что вокруг неё заранее была построена защитная стена из кирпича.

Затопленные улицы были непроходимы, конка не работала. Из разных частей Москвы, разделённых наводнением, жителей перевозили туда и обратно через мосты на телегах и пролетках извозчики. Между домами жителей развозили на лодках.

Последствия наводнения устраняли несколько месяцев.

Последнее крупное наводнение на Москве-реке в черте города произошло в 1931 году, когда уровень воды поднялся до 6,8 метров. В середине XX века в Подмосковье были построены Истринское, Можайское, Рузское и Озернинское водохранилища, которые регулировали сток рек. После этого крупные разливы на Москве-реке прекратились.